2003 war seine erste Rennsaison im Supermotosport. Im ersten Jahr erreichte René Esterbauer im Red Bull KTM Supermoto Junior Cup den dritten Gesamtrang, im Jahr darauf gewann er alle 12 von 12 Rennen. Durch den Gesamtsieg im Juniorcup war er für den Red Bull KTM Supermoto EUROCup qualifiziert. Auch dort konnte er den Titel holen und wurde Junioren-Europameister. Ab diesem Zeitpunkt war Esterbauer bei Red Bull und KTM Power Sports unter Vertrag.
